美国国家科学基金会(NSF)于2008年启动了为期5年、总经费达5000万美元的“iPlant Collaborative”计划,旨在为解决植物生物学的重大挑战创建网络基础设施。
2010年3月,iPlant项目发布了第一批计算环境和软件框架的测试版。这些工具基于Web、友好易用,允许植物学家在超级计算机上进行远程计算和分析。植物学家可以与计算机科学家和信息科学家开展合作,利用超级计算资源,解决植物生物学的一些关键问题。
iPlant开发的一项核心工具“Discovery Environment”(DE)采用了类似Wikipedia和Flickr的Web 2.0技术,可实现不同类型数据的互联,并在一个单一的用户界面中集成信息。该工具集成了现有的生物信息学工具,并使它们可在远程高性能计算资源上无缝运行。
“生命之树”(Tree of Life)可视化工具是集成在DE中的众多应用之一,它通过交互性、可扩展性和新的可视化方法变革了系统进化树的表现方式,能帮助科研人员探索物种之间的联系,跟踪基因重组的历史序列,以及研究植物适应位置迁移、气候变化的方式。
iPlant还为DE创建了一个互补的学习环境“DNA Subway”,方便学生、教育工作者和科研人员访问大规模数据集和高性能信息学工具。
国科图成都分馆摘编自
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